Der Vorstand der evangelischen Diakonie Lindau e.V. setzt sich aus dem ersten und zweiten Vorsitzenden zusammen und wird alle vier Jahre neu gewählt. Derzeit steht Pfarrer Eberhard Heuß dem Verein vor.
Dem Vorstand zur Seite stehen die Mitglieder des Ausschusses. Auch sie werden für vier Jahre gewählt. Zum Ausschuss gehören neben den Vorstandsmitgliedern ein Kassierer, ein Schriftführer und jeweils ein Vertreter der Lindauer Kirchengemeinden. Gemeinsam beraten sie in je nach Bedarf stattfindenden Sitzungen die anstehenden Probleme und treffen alle wichtigen Entscheidungen.
An sämtlichen Treffen von Vorstand und Ausschuss nimmt auch die Geschäftsführerin der Diakonie, Anke Franke, in beratender Funktion teil.
